1999年舉辦了第一屆的娃娃兵進音樂廳，打破過去孩童不能進入音樂廳觀賞節目的慣例，同年並與鋼琴家陳冠宇老師等合作演出。同時在1999年，由醫聲室內樂團為班底擴大編制，成立了市民交響樂團(Taipei Civic Symphony Orchestra)，並於2000年3月11日正式公演。在這一段期間，醫聲室內樂團（弦樂團）的成員大多加入交響樂團，因此弦樂團暫時停止運作，由市民交響樂團與癌症基金會持續合作，進行公益活動。市民交響樂團成立後大為成功，每年維持3-5場在國家音樂廳的演出，內容除古典音樂外，也包括兒童音樂（娃娃兵進音樂廳），爵士，芭蕾舞，電影配樂等。
